Prototype определённо одна из мощнейших Javascript библиотек, но у неё есть один небольшой недостаток который зачастую ошибочно принимают за большой — отсутствие родной поддержки связывания селекторов с событиями. Для сравнения — в jQuery это одна из основных фич и трудно вообще представить jQuery без этого. Для тех кто не в курсе — это возможность отделять наш Javascript от XHTML посредством CSS селекторов, большенство таких событий как onclick, onmouseover, onmouseout, onblur, onfocus и тому подобные.